广义的细菌通常也包含非典型病原体。细菌、非典型病原体属于原核细胞微生物。细菌通常以微米作为描述其大小的单位。细菌的基本结构主要有细胞壁、细胞膜、细胞质、核质。

细胞壁是细菌最外层的结构，与细胞膜紧密相连。根据特殊染色结果，细菌又可分为革兰阳性菌与革兰阴性菌。阿莫西林等各种青霉素类药物和各种头孢菌素类药物就是作用在细菌的细胞壁上，通过破坏细胞壁从而起到杀菌的作用。

细胞质为细胞膜所包绕的胶状物质，其中含有多种重要结构。其中核蛋白体是细菌合成蛋白质的场所。这是氨基糖苷类等很多抗菌药物发挥杀菌抑菌作用的主要靶点。

核质是细菌遗传物质的主要载体，仅由裸露的双股DNA盘绕而成，无核膜包绕，因此细菌没有完整的细胞核，仅称作核质。氟哌酸、左氧氟沙星等喹诺酮类药物主要通过直接作用于细菌DNA而发挥其杀菌作用。

非典型病原体通常是指由革兰氏染色和传统培养基难以识别的病原体。常见的非典型病原体包括肺炎支原体、解脲支原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、嗜肺军团菌、普氏立克次体、恙虫热立克次体等。其中，支原体缺乏细胞壁，因此作用于细胞壁的阿莫西林和头孢菌素类抗菌药物对其无杀灭或抑制作用。对支原体肺炎有效的抗菌药物主要有：大环内酯类（红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等）、喹诺酮类（左氧氟沙星、莫西沙星等）和四环素类（米诺环素、多西环素、奥马环素等）。其中，喹诺酮类和四环素类由于存在软骨损害及牙齿色素沉着等不可逆的不良反应，从而限制了其在儿童患者中的使用。也正因此，对于年龄小于8岁的儿童，仅有大环内酯类药物可以使用，这也是我国支原体肺炎大环内酯类抗菌药耐药率较高的原因之一。